1、根莖區別：石菖蒲的根莖粗2-5mm，顏色為淡褐色；水菖蒲橫向生長，粗度為5-10mm，顏色為黃褐色。

2、葉子區別：石菖蒲的葉為線形，長度為20-30cm，顏色為暗綠色，無中肋；后者葉子為劍狀的線形，長度更長，葉子為亮綠色，有中肋。

3、習性不同：前者生長在半陰、濕潤的環境；后者生長在溫暖、濕潤的環境。

1、外形不同

小菖蒲是多年生草本，根莖外皮為黃褐色，葉片基生，向上漸狹，葉片為劍狀線形，基部較寬、有對褶，中部以上漸狹，色澤光亮。

石菖蒲的根莖上部分枝甚密，植株因而呈叢生狀，分枝常被纖維狀宿存葉基，葉無柄，葉片薄。

2、花期不同

小菖蒲的花期一般在6-9月份，花為黃綠色，子房為長圓柱形，漿果為紅色長圓形。

石菖蒲開花較早，花期在2-6月份，花序柄腋生，長4-15厘米，三棱形，葉狀佛焰苞長13-25厘米，花為白色。

菖蒲和石菖蒲不一樣。菖蒲是一種多年生的草本植物，它的根莖比較粗壯，葉片呈劍狀線形，長度在90-150厘米之間，基部比較寬大，有堆疊的褶皺，中部以上就會逐漸變得狹窄，菖蒲的花朵是黃綠色的，花期在每年的2-9月份，開花后花香四溢，非常迷人。

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